按照《全国人民代表大会常务委员会关于国务院机构改革涉及法律规定的行政机关职责调整问题的决定》相关规定“在现行法律规定尚未修改前，调整适用相关法律规定，入河排污口设置管理职责由组建后的生态环境部承担”，2018年机构改革后，入河排污口设置管理职责由水利部划转至生态环境部。同时，根据《国务院办公厅关于全面实行行政许可事项清单管理的通知》（国办发［2022]2号）“江河、湖泊新建、改建或者扩大排污口审批的实施机关为：生态环境部流域海域生态环境监督管理机构，省、设区的市级、县级生态环境部门”，入河排污口设置由生态环境部门审批。